Що таке FPKM у секвенуванні РНК?

Фрагменти на кілобазу транскрипту на мільйон картографованих читань (FPKM) — простий метод нормалізації рівня експресії. FPKM нормалізує кількість читань на основі довжини гена та загальної кількості картованих читань.

TPM — це кількість транскриптів на кілобазу екзонної моделі на мільйон картованих зчитувань. Отже, які відмінності між TPM і RPKM/FPKM? TPM насправді дуже схожий на RPKM/FPKM, єдина відмінність полягає в цьому порядок розрахунку інший; TPM можна розглядати як відсоток від значення RPKM/FPKM.

CPM: керування глибиною послідовності під час ділення на загальну кількість. Не для порівняння в межах вибірки чи DE. RPKM/FPKM: контроль глибини секвенування та довжини гена. Підходить для технічних копій, не підходить для зразка-зразка через упередженість композиції.

Верхній квартиль FPKM (FPKM-UQ) становить модифікований розрахунок FPKM, у якому кількість секвенування замінюється геном, що кодує білок у 75-му перцентилі..

У разі односторонніх даних, РПКМ=ФПКМ (Зчитує p er kilobase на мільйон читань і F фрагментує p per kilobase на мільйон читань). У випадку парних кінцевих даних у вас є один фрагмент для кожної пари читання. Таким чином, ділимо РПКМ на два.

Фрагменти на кілобазу транскрипту на мільйон зіставлених читань (FPKM) — це простий метод нормалізації рівня експресії. ФПКМ нормалізує кількість читань на основі довжини гена та загальної кількості картованих читань.