Що таке метод вирівнювання структури Далі?

DALI використовує вирівнювання матриці відстані для порівняння парної структури. Оціночна функція, яку максимізує DALI (Додаток I), є зваженою сумою подібностей внутрішньомолекулярних відстаней між еквівалентними парами атомів.

Поширеним і популярним методом структурного вирівнювання є DALI, або метод ALIgnment матриці відстані, який розбиває вхідні структури на гексапептидні фрагменти та обчислює матрицю відстані шляхом оцінки шаблонів контакту між послідовними фрагментами.

Подібність вимірюється за допомогою Z-балів Далі. «Значні подібності» мають Z-оцінку вище 2; вони зазвичай відповідають подібним складкам. «Сильні збіги» мають ідентичність послідовності вище 20% або Z-показник вище межі, яка залежить від розміру білка запиту.

Структурне порівняння та вирівнювання

Під час вирівнювання білкових послідовностей ми вирівнюємо амінокислоти, які вважаються гомологічними, тобто походять від предкової послідовності шляхом заміни в одному місці. У структурних вирівнюваннях ми вирівнюємо позиції, подібні з точки зору локальних та/або глобальних конформацій.

Є чотири вирівнювання: праворуч, ліворуч, вирівняно та по центру в будь-якій системі. Вирівнювання за лівим краєм означає, що текст починатиметься з лівого краю. Праве вирівнювання означає, що текст буде починатися з правого краю. Вирівнювання по центру означає, що текст буде по центру.