Що таке молекулярна заміна за допомогою Molrep?

MOLREP є автоматизована програма для молекулярної заміни, яка використовує ефективні нові підходи в обробці даних і обертальному та поступальному пошуку. Вони включають автоматичний вибір усіх параметрів, масштабування за вихідними піками Паттерсона та м’яке обмеження роздільної здатності.

Молекулярна заміна (МР) – це метод вирішення фазової задачі в рентгенівській кристалографії. MR покладається на існування раніше розкритої структури білка, подібної до нашої невідомої структури, з якої отримані дані дифракції.

Молекулярна заміна є метод у хімії, який передбачає використання відомої структури, подібної до невідомої макромолекули, для розрахунку початкових фаз для подальшого аналізу. Визначення, створене штучним інтелектом на основі: Encyclopedia of Spectroscopy and Spectrometry (Third Edition), 2017.

MOLREP є автоматизована програма для молекулярної заміни який використовує низку оригінальних підходів до ротаційного та поступального пошуку та підготовки даних.

Функція самообертання (SRF) дозволяє визначити внутрішню симетрію нативних даних шляхом порівняння нативної функції Паттерсона з самою собою. Це порівняння призводить до відображення осей симетрії як піків.

Складність проблеми молекулярної заміни залежить насамперед від двох основних факторів: наскільки добре модель зможе пояснити дані дифракції (що залежить як від точності моделі, так і від її повноти), і скільки відображень можна пояснити, принаймні частково.