Що таке вирівнювання структури білків?

Вирівнювання структури є цінний інструмент для порівняння білків з низькою подібністю послідовностей, де еволюційні зв’язки між білками не можуть бути легко виявлені стандартними методами вирівнювання послідовностей.

Теорія структурного вирівнювання передбачає, що група спільності, але не тематична група, повинна перелічувати відмінності для більшої кількості старих пар, ніж для нових пар, тому що ці учасники структурно вирівняють старі пари в першому завданні.

Під час вирівнювання білкових послідовностей ми вирівнюємо амінокислоти, які вважаються гомологічними, тобто походять від предкової послідовності шляхом заміни в одному місці. У структурних вирівнюваннях ми вирівнюємо позиції, подібні з точки зору локальних та/або глобальних конформацій.

Вирівнювання послідовностей — це спосіб упорядкування первинних послідовностей білка для визначення областей подібності, які можуть бути наслідком функціональних, структурних або еволюційних зв’язків між послідовностями.

Структурне вирівнювання спроби встановити гомологію між двома або більше полімерними структурами на основі їх форми та тривимірної конформації. Цей процес зазвичай застосовується до третинних структур білків, але також може бути використаний для великих молекул РНК.