Що таке вирівнювання білкових послідовностей?
є процес порівняння двох або більше послідовностей ДНК, РНК або білка для виявлення подібності між ними.
Вирівнювання структури є цінний інструмент для порівняння білків з низькою подібністю послідовностей, де еволюційні зв’язки між білками не можуть бути легко виявлені стандартними методами вирівнювання послідовностей.
Вирівнювання є потужний спосіб порівняння споріднених послідовностей ДНК або білка. Вони можуть бути використані для фіксації різних фактів про вирівняні послідовності, таких як спільне еволюційне походження або спільна структурна функція.
У вирівнюванні перекладу, нуклеотидні послідовності транслюються в білок, вирівнювання виконується на білковій послідовності, а потім знову транслюється в нуклеотидну послідовність.
Оптимальним вирівнюванням двох білкових послідовностей є вирівнювання, яке максимізує суму парних балів мінус будь-який штраф за введені прогалини. Проблема полягає в тому, щоб знайти ефективний спосіб розташування траси, яка задовольняє ці умови.
Вирівнювання послідовностей — це спосіб упорядкування первинних послідовностей білка для визначення областей подібності, які можуть бути наслідком функціональних, структурних або еволюційних зв’язків між послідовностями.