Що таке remd?
Репліка-обмін
(REMD) покращує вибірку подій зв’язування та скасування зв’язування, запускаючи багато симуляцій паралельно, кожна з різними значеннями для певної змінної, і намагаючись періодично обмінюватися конфігураціями між моделюваннями із сусідніми значеннями.
Це так гібридний метод шляхом поєднання MD моделювання з алгоритмом Монте-Карло. У моделюванні REMD кілька копій (реплік) однієї системи моделюються паралельно за допомогою моделювання MD при різних температурах або при одній температурі, але з використанням різних гамільтоніанів.
Обмін репліками (або паралельне відпуск) передбачає роботу за методом Монте-Карло (або постійної температури MD) протягом певної кількості проходів (або часових кроків) паралельно на наборі систем реплік, кожна з яких має різну температуру, {T0, T1, T2, …, TN}, де температури впорядковані від найнижчої T0 до найвищої TN.
TI відрізняється від FEP таким чином різниця вільної енергії обчислюється як функція λ: інтегрування похідної гамільтоніана по λ призводить до різниці вільної енергії між кінцевими станами.
Розрахунок середньоквадратичного відхилення (RMSD) перевіряє, що система знаходиться в рівноважній структурі, підтверджуючи в той же час нашу модель. Крім того, стереохімічна якість наших білкових моделей демонструється за допомогою розрахунку графіка Рамачандрана.
Безпечне середовище навчання: Симуляції можуть створити безпечне середовище для того, щоб учні могли практикуватися та експериментувати з новими навичками без ризику негативних наслідків. Це може допомогти зміцнити впевненість і компетентність учнів.